腱鞘囊肿最好发于手背、脚背以及肌腱腱鞘的表面。腱鞘囊肿的治疗要看有没有症状，如果没有症状，不影响生活和功能，可以不进行特别的治疗。腱鞘囊肿也不会长得太大，有时会自行消失。如果有疼痛或者影响穿鞋，日常生活的使用，则可以采用手段来消除腱鞘囊肿。在囊肿比较坚硬的时候，用手指挤破是最有效的方法，也是最快的办法。
随访观察：小囊肿可观察，无需处理，定期复查即可；B超下穿刺吸液：在超声引导下穿刺吸液，有一定的效果，但此方法易复发，且再次手术时可能发生粘连；腹腔镜肾囊肿去顶术：为常用方法，把整个囊肿的囊皮去掉，复发率低。
在平时可以采取坐浴的方式来减少脓肿，如果囊肿已经有脓液，可以通过手术的方式来进行治疗，对于这类疾病一定要尽早的进行治疗，以免引起其他功能疾病，平时在饮食上尽量以清淡为主，不要吃一些刺激性和辛辣食物。
比较小的宫颈纳氏囊肿，不需要特殊治疗，积极的治疗宫颈炎就可以了。如果没有临床症状，也可以动态复查，比如半年复查一次。但如果纳氏囊肿比较大，或者数目繁多，甚至有可能把宫颈阻塞，甚至形成了宫颈息肉样变化，就需要给予及时的治疗，可以做宫颈冷冻或者激光手术，也可以做宫颈leep刀手术。
无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿大于5cm且有压迫症状了，建议早期手术治疗(囊肿去顶减压术)是最好的治疗方法。手术治疗通常采用囊肿去顶减压术。此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。手术成功的关键是尽可能早施行手术，囊肿减压必须彻底，不放弃小囊肿和深层囊肿的减压。
乳腺囊肿来可以通过外科手术的方式，将囊肿取出进行病理学化验，因为乳腺囊肿在绝大多数的情况下都是良性的病变，一般没有太特殊的问题，但是这也不排除在某些恶性变的情况下造成的不良反应。
