生殖器疱疹大多发生在皮肤和黏膜的交界处。首先，局部皮肤微微发红，然后会发出针尖大小的一簇簇小水泡。它有轻微的瘙痒和烧灼感。几天后，它变干并形成棕色结痂。结痂脱落后，有轻微的色素沉着，但也很快消失。整个病程平均为一周，但它经常复发。
生殖器疱疹的症状主要是水疱和溃疡，水疱是生殖器疱疹的早期表现，当初发或者复发的时候首先表现为局部的红斑，红斑的基础上出现一些比较亮晶晶的、比较壁薄的、容易破损的水疱。
生殖器疱疹是由于病毒引起的，这种病有一个最大的特点，就是有一定的自限性，有些时候不经过治疗，病情也会出现好转的现象，病灶部位的皮肤不痛不痒的，看上去就跟好了一样。其实这是一种假象，如果不坚持治疗，生殖器疱疹会复发的。即使是病灶部位没有什么感觉，也要继续治疗，可以口服药物，可以施用手术治疗，也可以进行激光治疗等，最重要的是从饮食上进行调节，如果不提高自身的免疫力，病情会反复发作的。
男性生殖器疱疹的病人所表现出来的症状比女性生殖器疱疹的病人明显。多数是在感染病菌后两天到十天以内，就会出现难以忍受的不舒服的症状。男性生殖器疱疹的症状多数发生在龟头、尿道口、冠状沟、阴茎、阴囊等部位，先有灼热感，然后产生群丘疹，有些是一簇，有些是多簇，然后慢慢的形成水疱。时候如果不及时地治疗，几天之后就会转变成脓疱，破了后形成糜烂患者溃疡。感觉疼痛，两到三周后结痂。
生殖器疱疹的临床表现是，含有流动性液体的大水疱，破裂后会产生疼痛的溃疡，溃疡之后结痂。过程可能会持续好几天。也有的表现为皮肤上有一些小疹子和类似丘疹的小肿块。还有些人有一些其他的症状像小便涩痛。
生殖器疱疹在发病初期患部有烧灼疼痛感，出现水疱和溃疡，生殖器疱疹久治不愈对人的免疫系统有一定的损害，也会给心理带来影响，但是是可以治疗的，治疗生殖疱疹用中医中药科学地进行抗病毒，抗免疫的治疗才能使得治疗不复发。
