巧克力囊肿手术可以选择开腹及腹腔镜两种。如果是开腹手术需要5千元-6千元；如果是选择微创手术腹腔镜，费用要高些7千元-9千元；因为巧克力囊肿的特殊性，术后是需要服用药物或是打针防止复发的。根据做的方法不同费用5千元-8千元；术后需要应用防止复发的药物。
巧克力囊肿坚持做仰卧起坐有利于疾病的治疗，并能有效地锻炼腹部肌肉，可以提高人体的抗病能力，可以有效地治疗疾病，并能防止疾病的复发，选择合适的锻炼方法根据身体条件，每天锻炼。能提高人体免疫力，预防疾病的发生，有助于疾病的治疗。
巧克力囊肿手术后尽量过三个月再开始备孕。手术之后排球的创面需要恢复1到2个月，这一两个月之内是不能够受孕的，但是这一两个月之内内异症病灶容易复发，所以术后要用三个月的药物治疗，这三个月的药物治疗，能够把残留的病灶进一步的沙面，同时能够预防复发，治疗三个月之后，只要恢复月经就可以尽快怀孕。
治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
