卵巢囊肿穿刺检查治疗本身对于妊娠是没有什么影响的，但卵巢本身可能会引起出现排卵异常和导致不孕的情况。卵巢囊肿的治疗原则在意一旦发现要及时给予手术治疗。仅仅是比较小的卵巢囊肿对于妊娠是没有什么影响的，穿刺后是不会影响怀孕的，所以在穿刺后是可以生小孩的。
一般巧克力囊肿的病人是会出现腹痛的症状的，甚至是痛经进行性加重、性交疼痛、不孕及月经失调。这种病可以采用药物来对抗或抑制卵巢的周期性内分泌刺激。最初是用睾丸酮类的雄性激素，因副作用较大，而且效力亦不够强，已逐渐摒弃不用。后来则逐渐发展成为假孕疗法及假绝经疗法。
平时要多进食一些水果蔬菜，不要吃辛辣还有过凉的食物，月经期间禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。月经期要做好自身的保健注意控制自己的情绪不要生闷气，这样才能有效的防止复发。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿治疗有中药治疗和西药治疗。中药治疗疾病是目前临床上较为常用的一类方法，副作用很小，不影响工作生活。西药对于早期发现且没有产生实质性病变的病人，早期科学对症用药一般能够取得不错疗效，但一定要注意控制用药，否则可能会带来较多副作用。具体的用药剂量和时间要紧遵医嘱。手术治疗也是一种方法。
术后巧克力囊肿的一年复发率是10-18%，月经不来不一定会导致复发，还是上医院检查比较好，而且不健康的饮食易导致巧克力囊肿的复发。所以在日常饮食中要注意做好饮食调节，保证饮食多样化，及时补充人体所需的维生素及矿物质，多吃水果、蔬菜，增强人体抵抗力，从而可以有效预防巧克力囊肿复发。
