支原体、衣原体等是轻度或中度的，自身的免疫功能是可以自行恢复的。支原体、衣原体感染、自身免疫力低下等情况，是很难治愈的。
对于支原体、衣原体的治疗，可以选择红霉素、阿奇霉素、罗红霉素等三种药物。近年来，对支原体的抗药性越来越强。抗药性高达75%，使用红霉素类的药物也不一定有效。如果治疗无效，可以选择环丙沙星、左氧氟沙星等喹诺酮类药物。另外，四环素、多西环素、米诺环素等都是四环素。
支原体衣原体感染的严重程度，取决于它所引起的何种结果。
第一，造成不适，如支原体，衣原体尿道感染等，会引起尿痛或者尿道刺痛。支原体衣原体感染前列腺，就是前列腺炎，会导致尿频，尿急等不舒服。支原体衣原体感染精囊或生殖系统，会造成受孕困难。
因此支原体衣原体的感染严没有严重，需要对病症进行鉴别。
支原体、衣原体可能会引起咳嗽。
支原体、衣原体很可能会进入气道，引起咽炎、肺炎等疾病，引起顽固性、严重的咳嗽、伴有少许粘液、乏力等症状。如果出现支原体、衣原体感染，一定要到正规的医疗机构进行治疗。
另外，生活中要注意保持房间里的环境干净，多吃一些容易消化的食物，多饮用一些白开水。
支原体衣原体感染会影响怀孕：
泌尿生殖道感染支原体后，引起的疾病男性为非淋菌性尿道炎，表现为尿道刺痒、烧灼感和排尿困难，少数有尿频。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，部分病人无症状。女性主要为非淋菌泌尿生殖道炎，表现为白带增多，尿道灼热或引起盆腔炎，输卵管炎等而引起不孕，流产和宫外孕.所以如果发现有此问题，最好是在医生的指导下进行有效的治疗。
检查支原体衣原体就是查有没有这两类病原体的感染，因为支原体衣原体感染是属于性传播疾病。而且在女性怀孕以后，可能会引起出现自然流产，甚至是胎儿畸形的风险。所以可以作为常规的孕前检查。在检查出现支原体衣原体阳性的情况下，都需要做药敏实验来选用具体的药物治疗，治疗时需要夫妻同治，以免导致出现再次交叉感染。
通常情况下，衣原体和支原体的病原体可以被杀死。具体方法如下：
1、支原体、衣原体病原对温度较敏感，可以通过消毒、加热等方法将其杀死。
2、患者一定要遵医嘱服用足够数量的用药，以及足够的疗程。因为药物对杀死衣原体和支原体的病原体也有一定的作用。