去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
治疗巧克力囊肿时，如果囊肿较大，可以进行保守治疗，切除囊肿组保留子宫和卵巢。巧克力囊肿不属于肿瘤，这是子宫内膜异位症的一种，一般是良性的，不会发生癌变。但是由于其特殊的部位，所以使用药物的效果不好。但是这种囊肿会随着月经周期的进行而逐渐增大。
巧克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。饮食应以清淡食物为主，多食有营养的食物，如鸡蛋、豆腐、瘦肉等。忌食生、冷和刺激性的食物。
巧克力囊肿炎性囊肿的治疗方法，是要看囊肿的大小来决定怎么治疗的。如果是因为巧克力囊肿导致的不孕不育，那么可以手术切除。也可以到促排卵，增加怀孕几率，具体需要看囊肿的大小来综合治疗。
有巧克力囊肿现象可以通过药物和手术来进行医治，一直期间一定要进行饮食上的控制，多吃一些有营养的食物，不要吃过于辛辣的时候，注意性生活的频次和力道，一直期间不要进行性生活。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。