如果症状相对较轻，应首先采取保守治疗。常用方法包括空气灌肠、钡灌肠和b超下静水压灌肠复位治疗。在治疗过程中，通过配合医生的治疗和遵循医生的指示，病情会得到改善。
保守治疗：适合于轻度直肠黏膜脱垂者，口服益气升提类药物，增加盆底肌肉力量，帮助固定直肠。手术治疗：适合于严重直肠黏膜脱垂且直肠黏膜套叠者，如注射手术，将硬化剂注射到黏膜下层，使直肠黏膜与肌层粘连固定。
得了直肠粘膜脱垂，如果症状比较轻微，可以通过吃药来治疗。可以吃些益气的药物，这样可以增加盆底肌肉力量，帮助固定直肠。如果症状严重，则需要通过手术来治疗。可以做注射手术，将硬化剂注射到黏膜下层，使直肠黏膜与肌层粘连固定。也可以做切除手术。要用哪种手术方法要由病人与医生商量决定。
对于2岁以下的小孩，发病时间不超过48个小时，可以采取保守治疗。保守治疗分为两种，一种是X线的空气灌肠；一种是在B超监控下进行水压灌肠，这样小孩就不会被X线照射到，这对小孩来说是有好处的。两种方法都能获得很好的恢复效果，两种方法都能达到95%以上的治疗效果。
但如果孩子病史超过48个小时，或者是病情严重，反应不佳，而且孩子年龄在三岁以上，又是急性期，反复肠套叠，很有可能会合并器质性病变。在这种情况下，可以选择微创的手术探查，也可以选择灌肠，核素扫描。
应该是早期情况，保持正确乐观的心态，要信任医生，早期发现的治好的概率还是很高的，手术后为期半年的放化疗也要坚持，但不宜过度，饮食应注意以清淡为主，多吃水果，蔬菜多饮水，加强运动。
