肾结石和肾囊肿的治疗取决于结石的位置和囊肿的大小。不需要外科治疗。然而，当囊肿较大且有可能导致破裂或远端尿路梗阻时，应积极进行外科治疗。手术后，需要口服抗炎药物治疗。特定药物的使用和剂量应根据医师的意见进行。
通常情况下，肾结石有囊肿的患者可以通过保守治疗、手术治疗等消肿。具体情况分析如下：
1.保守治疗：肾结石有囊肿的患者如果体积比较小的话，没有形成梗阻或者梗阻，比较轻微的时候可以通过一些保守的方法来进行治疗，就可以取得比较好的效果。
2.手术治疗：肾结石有囊肿的患者如果体积大于四个厘米，那可能就需要进行手术治疗。
肾囊肿主要采取保守和手术的方法治疗，不必采取刻意的治疗，只要定期随访观察就行。结石药物治疗应选用脲酶抑制剂，有控制结石长大的作用。非药物治疗包括体外冲击波碎石，是通过X线或超声定位，利用高能冲击波聚焦于结石，裂解结石，使其随尿液排出体外。
可以手术取石，也可以观察，就是多喝水，多排尿，半年左右复查泌尿系彩超一次，看看结石是否已经排出或者又已经长大。如果是特殊职业，不能有这个结石，只能手术，得做输尿管软镜手术，因为这么小的结石只能输尿管软镜才能碎石取石。
成人肾囊肿是由常染色体显性遗传引起，肾囊肿常合并尿路和囊肿感染，肾结石和肾内钙化。有肾囊肿，要保护好肾脏，避免剧烈的体力活动和腹部及腰部创伤，避免应用一切肾毒性药物。要定期复查，包括血压，尿常规、肾功能和超声检查。蛋白质摄入量不宜过高，控制好血压，积极防治尿路感染和囊肿感染，总合并结石易发生感染，所以首先要积极防治感染，对于结石的治疗建议选择三甲医院，因肾囊肿合并有结石治疗难度大。
双肾囊肿伴结石，可以使用穿刺抽液手术进行治疗。肾囊肿是肾脏的一种良性的结构异常，一般小于四公分的囊肿，定期复查即可。身体出现不适时，要及时去医院进行检查治疗。注意休息。
