手术是治疗鳃裂囊肿的最有效方法。手术切口常选择在下颌骨侧皮肤，与皮肤纹路一致，切口愈合后的瘢痕是在皮肤上划了一条线。伴有感染者不宜做手术，应使用抗生素控制感染后再接受手术治疗。
肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
跑步不能治疗肝囊肿。但是跑步可以提高病人的身体免疫能力，从而可以抑制肝囊肿的增大，防止病人的肝囊肿出现恶化、癌变的情况。对于肝囊肿的病人是需要根据囊肿的病理来采取药物治疗、手术切除等方式进行治疗。
可以考虑手术治疗。手术方法以显微镜下切除囊肿壁，严密缝合囊肿，以蛛网膜下腔的通道为主要治疗策略。对无症状者以及MRI显示囊肿和临床症状不明显者，一般不需要处理，可先行观察。
可以选择手术治疗，囊肿属于非常常见的一种良性病变，也是一种良性肿瘤。具体看发生于哪个部位。而对于肝脏上的囊肿，如果病变小于5cm，没有临床症状，属于发育的异常，那么可以暂时的进行观察。
