十二指肠乳头肥大有生理和病理两种情况，可以通过一般治疗、药物治疗以及手术治疗进行处理。
生理上是由于先天性的，只要不会妨碍到胆汁的排出，也没有出现腹部疼痛或者其他的表现，是可以不用进行治疗的。十二指肠乳头的炎症、肿瘤等是病理性的表现，出现腹痛、黄疸等表现后要立即就医，做好腹部CT，以及肝、胰、脾等部位的MRCP检查，以确定原因，以便进行后续的处理。可以使用消炎药物或手术进行治疗.
早期症状不明显，胃镜可查出十二指肠的降部癌，十二指肠水平部癌可通过做钡餐发现；晚期十二指肠癌因肿瘤长大压迫十二指肠，患者会感觉轻微钝痛，部分患者疼痛放射至腰背部，肿瘤堵塞大部分或全部肠腔，引起厌食、恶心、呕吐、黄疸症状。
会疼痛的，少穿束胸或紧身衣，合理使用文胸。型号合适的文胸对乳房健康很重要，能选用柔软、透气、吸水性强的棉制文胸。平时能不带文胸时尽量不带，不要带文胸睡觉。饮食要清淡一点，禁忌脂肪、高糖、辛辣、油煎的食品及白酒、咖啡等刺激性饮料，禁食桂圆、红枣、阿胶、蜂王浆等热性、凝血性和含激素成分的食品。多吃蔬菜、水果等食物。
本病主要与胆石症有关，胆囊结石病人的肝胰壶腹乳头炎出现病变，多因细小的胆囊结石通过胆总管排出时，引起括约肌强烈痉挛，结石损伤乳头黏膜并引起十二指肠慢性炎症反复慢性炎症发作，从而导致Oddi括约肌结缔组织增生，括约肌缩窄，造成壶腹部胆道出口阻塞，胆道下端梗阻。
要明确是否有幽门螺旋杆菌感染，进一步查碳14呼气试验，如果有幽门螺旋杆菌感染，要进一步的行杀菌治疗。使用的是修复黏膜和减少胃酸分泌的药物，来进一步的处理，可使用耐信和膜固思达进一步治疗。要注意饮食的调节，清淡饮食，禁忌酸辣刺激性食物，才能达到很好改善胃部的症状及体征的变化。
十二指肠乳头癌组织学类型分为肠型和胰胆管型，以肠型为多。分子生物学研究表明K-ras基因突变与肠型有关，p53基因过度表达可能在肿瘤溃疡形成中起重要作用。家族性息肉病、Gardner和Turcot综合征、vonReeklinghausen综合征、Lynch综合征、良性上皮肿瘤如绒毛状腺瘤等疾病，也会进展为十二指肠乳头癌。
