畸胎瘤会严重一点，但卵巢畸胎瘤和卵巢巧克力囊肿也都属于卵巢囊肿的一种类型，卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，还是比较麻烦的，复发的可能性比较大，卵巢畸胎瘤只要切除，一般复发的可能性比较小。
通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
附件炎性包块指卵巢或输卵管炎症刺激使炎性渗出物包积而成囊肿或脓肿。
附件炎症的患者在出现包块之前，一般都可以通过抗炎止痛等方法来缓解症状，也有一些患者会出现明显的炎性包快现象。一般来说，女性感染了盆腔炎之后，其主要表现为月经量增多、经期延长以及不孕等现象；而男性则有尿频尿急和性功能障碍等问题。但是对于这种疾病没有什么特殊的处理方法。但若已造成脓肿，此时可使下腹部剧痛，可造成持续性发热症状，仍需手术。
小腹不适，小腹疼痛，有一个坚实而无痛的肿快；白带异常，色黄异味；月经失常；有时性生活会疼痛，进行手术治疗和药物治疗，治疗以后再进行备孕。可以选择腹腔镜等微创疗法进行治疗。
有输卵管积水和巧克力囊肿，首先输卵管积水可以阻碍精子和卵子的结合，造成不孕，需要在腹腔镜下做输卵管疏通术，同时做巧克力囊肿挖出，保留卵巢就可以，这两个手术是可以同时进行的。
畸胎瘤和巧克力囊肿是两种来源不同的肿瘤和囊性病变，畸胎瘤是卵巢生殖源性肿瘤，巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢上，随着子宫内膜的周期性出血，血液不能排出而形成的囊性病变，二者治疗均应通过手术切除，而且两者，绝大部分都是良性的，畸胎瘤有可能有恶性的。
