先天性囊肿的治疗，要看囊肿的具体位置和，如果位置不重要，对人没有影响是不用治疗的。而如果位置比较重要，对人的健康产生影响，可以通过手术切除，所以具体要看囊肿的位置。
透明隔囊肿也称第五脑室，属于先天性变异，没有必要手术，很多人都有，只要没有脑积水，没有明显的症状，就不用处理。头痛的原因有很多，除了有脑部本身问题外，身体其他部位的不适也会引起头痛。
肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。
腱鞘囊肿可伴有长期劳损、感染等，伤害和其他原因之间存在某种联系。患者一般会出现一侧或者双侧疼痛的症状，也有一部分是单侧疼痛。以病部圆形肿块为主，有些酸疼。随着人们生活水平不断提高，越来越多的人患有不同程度的腱鞘炎症状。对腱鞘囊肿有非手术治疗与手术治疗两种。非手术治疗就是用药物或者是针灸来进行治疗。保守治疗是用挤压的方法将腱鞘囊肿击碎，接着，泡液就渐渐地自己吸收了，但也存在一定复发机会。手术疗法是对已经发生了病变的患者进行彻底的破坏。操作方法是可摘除腱鞘囊肿，手术后注意防护，避免反复发作。
宫颈囊肿一般可以通过手术进行治疗。
宫颈囊肿是一种生理上的改变，当鳞状上皮代替柱状上皮时，会有新的鳞状上皮覆盖住子宫颈腺管，堵塞腺管，造成腺体分泌物的排泄。
子宫颈囊肿的发生是由于子宫颈局部的损伤，或是由于长期的炎症，引起的腺管口狭窄。浅表的宫颈囊肿是在宫颈表面突出的，如果是深层的宫颈囊肿，那么在宫颈表面上看不出任何的异常，就会出现宫颈的肥大。子宫颈囊肿一般是不需要治疗的。
