一般情况下，子宫内膜异位的处理方式如下：
1、妊娠分娩是最好的治疗手段，在怀孕和哺乳期间可以起到压制作用，防止内异症，压制病灶，使病灶萎缩、吸收；
2、如果患者无痛经、短期内无生育要求、盆腔B超无包块等症状，可以进行常规的随访，一般是半年或一年一次的妇科或B超；
3、对于疼痛明显、B超包块大、有生育需求但又不能怀孕的患者，应采取外科、探查、术后用药等措施。
子宫内膜异位症的治疗方法有以下两种。
1、药物治疗：患者可以选择西医治疗和中医治疗。西医主要有丹那唑，内美通，亮丙瑞林等两种药物；中医以疏肝解郁、活血温经为主要手段，按中医证候、辨证施治、分症施治；
2、对于大面积的巧克力囊肿，可以通过手术治疗。
需要注意的是，子宫内膜异位症的具体治疗方法，要根据医生的建议和实际情况来确定。
子宫内膜异位症治疗方法大概包括手术和药物治疗。手术主要是切除病灶，提高生育能力，这是手术的目的。手术以后，这种病特别容易复发，所以为了防止复发会采用药物，包括GnRHa、其它一些口服药来减少子宫内膜异位症的复发。除了手术、药物，也可以考虑中西结合的方法来进行治疗。
一般认为子宫内膜异位症等仍有可能导致痛经或月经异常出血，因此应多注意休息等，诊断子宫内膜异位症等，多吃中成药等调理，观察一段时间等，同时应注意观察是否发生贫血，如果效果不好，也可考虑进行微创手术等调理。
子宫内膜异位症药物治疗是没有效果的，可以及早的选择手术治疗，因为每来一次月经病情就会加重一次，目前的治疗方法是微型电子腹腔镜治疗，不开腹，不切子宫，最大限度地保留生理完整性，按照情况采用子宫打孔术或病灶切除术，创伤小，出血少，术后恢复快。
根治性手术：将子宫、双附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除和清除，适用于45岁以上重症患者。药物治疗，也就是激素疗法，通过药理刺激体内激素分泌，因为异位内膜对卵巢内分泌有反应，所以采用性激素治疗，主要是抑制排卵或引起闭经，使异位内膜发生退行性变，继而坏死、吸收。