生殖器根部隐隐作痛可能是多种原因导致的，具体分析如下：
这种情况是因为尿道炎或者是前列腺炎。由于生殖器的根与前列腺是连在一起的，如果发生了炎症，就会向生殖器根部扩散，引起疼痛，还会导致排尿分叉，排尿乏力，下腹部疼痛。尿道是从阴茎内部经过的，如果阴茎的一部分出现了炎症，就会出现疼痛，需要进行尿液分泌物常规检查。
出现尿痛，流脓这样的表现。首先考虑就是淋病，是由于不洁的性接触感染淋球菌引起的一种性传播疾病，要明确诊断，可以通过尿常规，尿道分泌物，脓液的培养，明确诊断，目前来讲，治疗淋病还是静脉使用抗生素。
一般情况下，男生殖器痛可能是龟头炎、尿道炎等原因造成的，具体内容如下：
如果出现了包皮龟头炎、尿道炎等问题，需要根据临床表现进行分析。尿道炎的疼痛是由于阴茎内部引起的，同时还会有尿道口脓性分泌物、瘙痒等表现。包皮龟头炎主要是在包皮龟头表面，如果不是因为阴茎里面有很多小红点，所以不会引起疼痛。需要去医院进行尿常规、分泌物常规等检查。
生殖器疱疹会有疼痛，有的人疼痛的比较厉害，生殖器疱疹是有单纯疱疹病毒感染引起的，在生殖器官周围会出现单个的或是成簇的小水泡，几天后水泡会破裂出现糜烂和溃疡，所以会有疼痛的感觉。
生殖器疱疹一般潜伏期是2-14天左右，在皮肤上出现散在的小水疱，或者是簇集状存在的小水疱。小水疱一旦出现以后，2-4天会自己破溃，形成浅浅的溃疡，然后慢慢会愈合。此过程中会有明显的疼痛感。
