如果根管治疗减菌不完全、牙套材质不良，或密合度不佳，都有可能导致牙根里头持续发炎、化脓的牙根间囊肿，如果不及时治疗，通常牙齿內的細菌會慢慢侵蚀，甚至从一颗牙根传染到另一颗牙根。牙根里发炎、化脓，暗藏许多细菌，才会导致疼痛，忽视的結果可能会造成蜂窝性组织炎，严重甚至扩大感染。
牙根尖囊肿手术没有什么风险的，牙根尖囊肿是由根尖肉芽肿或者是慢性牙槽脓肿发展而来的一种牙科疾病，会出现局部肿胀、疼痛等症状，如果囊肿较大，可以进行手术切除，是一种很简单的手术。
如果是没有任何的症状，可以进行继续观察变化，一旦出现症状或者持续性增长的情况，就需要考虑进行手术治疗，使用药物进行保守治疗一般是没有效果的。多注意休息时间的合理安排。
牙根尖囊肿要到正规医院拍摄根尖片或者曲面断层片，确定是哪个牙，囊肿有多大，边缘到哪，然后再确定进一步的治疗方案。一般根尖囊肿需要进行手术治疗，如果囊肿比较大，边缘已经达到牙槽突的顶部，牙齿已经出现松动，这时需要拔除根尖囊肿的牙齿，然后把根尖部的囊肿完整摘除。如果囊肿不大，仅限于根尖区，可以先进行根管治疗，然后进行手术切除囊肿和囊肿附着内的根尖部分，再进行根尖的倒根充，这样就可以治愈。
根尖囊肿手术结束后骨头需要修复，和普通骨折愈合的时间差不多，时间大概三至六个月，这个愈合的情况还因人而异，具体的还需专业医生判断。建议等三至六个月做修复体修复。进行根尖囊肿手术后一般要进食软食和流质饮食为主，不吃辛辣刺激的食物和过硬过热的食物。
根尖周炎和根尖囊肿一般需要根管治疗。
根尖周炎有急性根尖周炎和慢性根尖周炎两种类型。慢性根尖周炎又分为根尖周脓肿，根尖周肉芽肿，根尖周囊肿，属于慢性根尖周炎。根尖周炎需要根管治疗，根尖囊肿需要根管治疗，但是根尖周炎单纯根管治疗并不能完全根除囊肿，所以除了跟管治疗之外，还有根尖切除术，根尖周炎还需要切除囊肿。
