肾囊肿如果比较大，还是有一定危险性的，囊肿囊壁较薄，较大的囊肿随时都可能在外力撞击时，造成囊肿破裂等，引起出血，因此有一定的危险性，而且囊肿较大时，会影响正常肾功能，引起肾衰竭。
肾囊肿如果较大，比较明显的压迫肾实质导致肾实质变薄，或者可能与肾盂接触导致肾盂、肾盏受压，可能会引起尿蛋白，也就是蛋白尿，但患者还需要去肾内科积极就诊，以排除其它疾病导致的蛋白尿，如肾病综合征或者肾炎综合征也会引起尿蛋白，但患者应该明确是否存在血尿、蛋白尿、高血压、水肿或者高脂血症。
肾囊肿穿刺后至少要休息半个月左右，肾囊肿穿刺抽液术后，会有一过性的血尿存在，并可能会有一段时间。目前主要是防止继发泌尿系感染。血液是一个良好的天然培养基，很容易滋生细菌。要积极抗炎治疗，做好预防工作，以免发生肾盂肾炎疾病，影响肾脏代谢和功能。
肾囊肿对于人体的影响更多在于其占据了肾实质的位置，压迫肾实质影响肾功能的角度。如果肾囊肿在肾里，尤其在肾实质里，一般随着囊肿增大会压迫周围的肾实质，导致局部的肾实质缺血，最终影响肾脏的功能。
肾囊肿并不严重，是一种常见的肾脏结构异常，大部分的肾囊肿直径不超过两厘米，对身体没有什么妨碍，也不需要特殊治疗，每年定期复查就可以。少数患者的肾囊肿会长大到五到十公分，会引起肾脏压迫症状，出现感染，血尿，腰痛等并发症，可以行穿刺抽吸等微创治疗来去除囊肿。
