它们的主要区别是生长的部位和症状是不一样的。痔疮一般的是生长在直肠管内，一旦发作可以使用相关药膏，进行外塞能够好转。而肛门脓肿一般生长在肛门的周围，可以用手摸到有硬肿块，外用药物没有效果。治疗上，肛门周围脓肿，首先选择脓肿切开引流手术。痔疮应该尽可能给予保守治疗，症状反复发作或者影响生活的3、4期痔疮才考虑手术治疗。
痔疮病人的肛门位置通常很少会有分泌物，只有在病人内痔情况下脱出的情况下才会出现分泌物现象。而在肛周病人的患处虽然其脓肿分泌物也是比较少见的，可是在形成肛瘘后分泌物就会变多而且是脓性物并伴有臭味儿，痔疮通常是生长在病人的肛门缘位置与肛门部位紧紧相接，而肛周脓肿会出现硬结肿块与肛缘之间会有一定的距离。
痔疮是由于肛管或者直肠黏膜下层的血管扩张形成了静脉窦，有血栓栓子形成，病人也会有排便带血的现象。肛周脓肿属于肛周的一种急性感染，多继发于肛腺的炎症，最终形成明显的脓腔，病人会有明显肛门区域的疼痛，伴有发热。
肛周脓肿属于感染性疾病，是继发于肛窦炎引起的直肠肛门周围间隙的脓肿，表现为局部红肿疼痛，皮温升高及局部波动感，部分可以出现畏冷、发热症状。而痔疮是由于肛垫下移和静脉曲张引起的局限性肿块。痔疮的典型症状是便血和痔核脱出，部分可以因为合并感染或者血栓形成，而表现出疼痛的症状。
肛周脓肿和痔疮的区别主要有以下几点，首先发病原因不同，痔疮为局部组织退行性改变，由于不良生活习惯、排便习惯引起肛垫下移，外痔结缔组织形成导致；肛周脓肿由肛门局部感染引起，甚至脓液积聚。其次临床表现不同，肛周脓肿症状主要为红肿热痛，痔疮症状主要为肿物脱出、便血、瘙痒等。
首先考虑还是内痔的可能性比较大。是由于大便干燥，慢性便秘，导致直肠粘膜静脉曲张引起的，肛周脓肿通常表现为使肛门周围的疼痛剧烈的疼痛。有可能是属于痔疮，不用过于担心，当肛周脓肿会有疼痛的感觉。