卵巢囊肿的分类比较多，原则上功能性的囊肿是不需要手术，有自行消褪的可能，如卵泡囊肿、黄体囊肿等，但非功能性的，如卵巢巧克力囊肿、卵巢囊性肿瘤只有通过手术才能治好。
如果卵巢囊肿很小，盆腔积液很少，可以不用手术。盆腔积液较多，伴有腹胀、腹痛、发烧等症状，应考虑是盆腔炎，可以口服头孢呋辛、甲硝唑、左氧氟沙星等，用药7-14天即可。卵巢囊肿不会引起盆腔积液，需要进行妇科检查，以排除恶性肿瘤引起的盆腔积液，如果有必要，可以进行外科手术或化学疗法。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
卵巢囊肿是生理性的囊肿，一般都是生理性的，一般都是生理性的，不会对胎儿的发育造成任何的影响，一般不需要特别的处理，定期复查，如果囊肿的直径超过5cm，可以在妊娠的中期进行手术。平时要多喝热水，多吃一些新鲜的蔬菜和水果，避免食用辛辣刺激性的食物，做好孕期的各项检查，保证充足的睡眠，并且保持良好的情绪。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
如果巨型的卵巢囊肿超过5公分，且随访观察2个月没有明显减小，这时候使用药物治疗没有明显的效果，患者一般是需要进行手术治疗的，手术分为单纯的囊肿剔除术和附件切除术，都可以在腹腔镜下进行，就是在下腹部打三个小眼创建人工气腹，在腹腔镜的辅助下进行手术。此类手术切口小，对患者的损伤小，患者术后恢复快，如果不进行手术，可能会严重影响患者的生活质量。
孕检发现，需要观察到孕12周，看囊肿大小有无变化。怀孕之后可以合并黄体囊肿，而黄体囊肿会随着妊娠周数的增大自行缩小甚至消失。孕12周可以根据囊肿的大小、性质、部位、孕妈及家属的意见来决定。对于直径大于8厘米的囊肿，在孕16-20周，采用手术治疗。
