增强核磁共振造影剂的危害主要是可能会发生血流动力学改变。有可能会引起碘过敏反应的危险，轻度的过敏反应仅表现为恶心、呕吐等，中度表现为喉头水肿、呼吸困难、荨麻疹等。
造影剂在临床增强检查中是经常使用的，对人体的副作用不是很大，使用之前先做过敏试验，它的副作用是容易引起过敏，所以做检查之前应该消除紧张的心理建议，造影剂是靠肾脏代谢的，所以做完之后，要求多喝水，勤排尿，来把造影剂代谢出去。
在接受了冠脉造影后，对比剂会通过肾进行新陈代谢。为了加快排尿速度，病人在进行了股动脉穿刺手术后，常规的输注500~1000毫升的液体，同时适当的加大喝水量，以促进对比物从尿中排出。现在的冠心病介入治疗主要是通过桡动脉穿刺途径进行的，由于对比剂的用量比较小，病人在手术中不需要太多的液体，可以喝1000毫升的温水，2个钟头左右就可以将对比剂排出体外。如果是心脏不全，建议饮用1500毫升以上的水，可以在医生的指导下服用利尿药。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
造影剂没有副作用，只是有一定的不良反应，比如胃肠反应、呕吐、荨麻疹、休克甚至死亡等，一般都会行碘造影剂过敏试验，但作为一个已经应用了几十年的产品而言，临床使用是安全的，发生严重不良反应，如休克的比例大概为千分之一，发生休克而导致死亡的仅有万分之一。
