脑部核磁共振检查没有明确的副作用，因为基本原理是探测人体组织内蕴藏量最丰富的氢离子，在磁共振过程中发出电磁波信号测出氢离子浓度及其驰豫时间，作为成像的参数。
脑部核磁共振没有电离辐射，对人体没有放射性的损害。其中脑部核磁共振是利用人体内氢质子，在磁场中产生共振信号来获得的图像。脑部的核磁共振对颅内的检查能够更精确，同时脑部核磁检查不会出现颅骨的伪影，也不需要造影剂，就能够清楚的显示头部冠状位、矢状位等图像。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。
孕期尽量不接受核磁共振检查。如需明确诊断，亦可进行核磁共振检查，但在妊娠早期，即妊娠头3个月内，尽可能不进行核磁共振检查。
由于在怀孕早期，胎儿各脏器都处于发育成熟阶段，是致胎畸形敏感期，妊娠中晚期可进行核磁共振检查。如妊娠中晚期，胎儿侧脑室宽大，一般不超过1.0厘米，如果超过1.5厘米的话，彩超即可确诊为脑积水；
若侧脑室宽度为1.0~1.5厘米，则需核磁共振来明确胎儿畸形及去留。
一般情况下，核磁共振是神经外科最常用的技术之一，应用于大脑病变患者，甚至是癫痫症患者。MRI可以检测到脑部的组织是否有任何的问题，比如肿瘤、出血、创伤、脑组织的畸形等。而且，清晰度更高，甚至可以通过谐波检测，观察到微小的损伤。CT会产生一些放射性物质，对于一些孕妇和即将受孕的女性来说，最好不要接触。而核磁共振成像则比较无放射性，因而更为保险。
腰疼拍CT还是核磁共振，需要根据具体情况来定：
第一种是腰椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰椎压缩性骨折等疾病，可以采用CT扫描来明确诊断。第二，腰椎核磁检查的主要适用于高位腰椎间盘突出，以及多节段的腰椎间盘突出，一般CT不能完全反映腰椎的突出情况。所以当腰椎突出范围很大的时候，最好做核磁共振检查。另外，腰椎血管瘤、原发性腰椎、继发恶性等疾病，需要进行MRI检查，以明确病变存在部位、骨质破坏的情况。
