子宫内膜薄的原因分为全身因素和局部因素，全身因素有内分泌失调，如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；局部因素主要是因为内膜损伤，粘连和缺如等。
多囊卵巢属于内分泌疾病，子宫内膜偏薄，有可能是卵巢的激素支持不够所致，如果内膜功能不全应该进行有关的内分泌检查，选择专科医院进一步检查明确病因针对性治疗即可。多囊卵巢综合症是会引起月经失调，闭经，不孕等症状的，体内的雄激素是高于正常的。也会影响子宫内膜的厚度。
多囊卵巢综合征，最显著的特征就是不会排卵，由于不排卵，所以卵巢只会分泌雌激素和雄激素，而不会分泌孕激素，雌激素刺激子宫内膜增生，而孕激素使子宫内膜发生分泌反应，这就导致，子宫内膜比较薄，所以一定要及时的治疗。
子宫内膜薄和多囊卵巢综合症是两种不同的疾病，需要同时治疗，但是都与内分泌失调有关系。多囊卵巢综合征可以表现为月经稀发甚至是闭经，所以可能存在子宫内膜薄的表现。需要共同调理多囊和子宫内膜的情况的，而不是单单盲目治疗的，这样效果肯定是不理想的。子宫内膜薄可能会造成受精卵难以着床，因此需要补充雌激素，放松心情。子宫内膜薄，多食用黑豆，黑豆汤，煮粥也放一些，打豆浆也可以放黑豆。
多囊不会引起子宫内膜薄，因为子宫内膜薄主要是下面的原因，人工流产是子宫内膜薄的最主要因素，多次药流或者无痛人流都可能引起子宫内膜薄。而且有的人先天性子宫内膜薄，其次如果是激素水平低，会限制子宫内膜增生及修复，孕激素水平高也会导致子宫内膜薄。
是有多囊卵巢综合征，这是内分泌失调疾病，可以导致闭经，不孕，多毛，痤疮，体重增加等症状。并不能治治停停的，否则会影响以后生育，月经调整正常后，再服促排卵药物。如果体型胖，还要加强锻炼，限制高糖，高脂饮食，减轻体重。