肛周脓肿的治疗主要是引流换药，避免形成肛瘘，脓肿已经破溃，医院的肛肠科治疗，彻底清除坏死组织，用无菌纱布由内而外填塞，使肉芽组织由内而外生长，更换坐姿，注意肛周卫生。平时注意饮食清淡，不吃辛辣刺激食物，戒烟戒酒。
如果破溃说明脓肿比较表浅，通常需要进一步行扩创破口，将脓液全部排出，同时采用双氧水冲洗后再以生理盐水冲洗脓腔。肛周脓肿通常继发于肛窦腺感染，感染的肛窦腺也就是肛周脓肿的内口，如果内口开口于齿状线下方，通常可以做一期肛周脓肿治好以避免形成肛瘘，也就是一次手术治好无需采用二期肛瘘挂线手术治疗。如果脓肿内口位置过高超过齿状线通常行单纯引流，一般形成肛瘘3个月后再次行肛瘘挂线治疗。
肛周脓肿引起的原因是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，并形成脓肿，称为肛管、直肠周围脓肿。其特点是自行破溃，或在手术切开引流后常形成肛瘘。肛周脓肿可以用抗生素治疗，自己平时用热水坐浴及局部理疗，可以消散，但多数到医院进行手术治疗。
肛周脓肿还是需要及时手术以免扩散，另外就是如果自行消毒处理，建议可以用碘伏消毒，将伤口彻底消毒，并配合上口服消炎药，如果自行治疗无缓解建议及时就医治疗。在脓肿清创时，应切除病变的肛隐窝。
卧床休息，半卧位有利于脓液积聚于直肠子宫陷凹而使炎症局限。抗生素的治疗原则：经验性、广谱、及时及个体化。药敏试验选用抗生素较合理，但通常需在获得实验室结果前即给予抗生素治疗，因此，初始治疗往往根据经验选择抗生素。选择广谱抗生素以及联合用药。
肛周脓肿破了，可以轻轻按摩把脓液挤出，然后拿消毒液仔细消毒，而且每天要进行换药。如果脓肿较深，只是破溃后流出小部分的脓液，仍然有憋胀、疼痛、发烧等症状，需要去医院进行手术处理。
