大三阳主要的治疗还要根据乙肝病毒量。目前还没有可以抗衡乙肝的药物可以使用。目前多用的就是抗病毒的，或者是提高机体免疫力的，进行治疗，主要还要注意肝功能的保护。小三阳是否能够好清楚取决于其病因。
大三阳相对小三阳要严重得多。具体的严重程度应结合乙肝病毒的检测来判断，血清中乙肝病毒DNA越多，传染性越强，肝损伤的可能性就越大，肝硬化和肝癌的几率就越高，大三阳和小三阳是乙型肝炎两种不同的病理过程，由于大三阳患者的乙肝病毒含量较高，肝损害也较严重，而小三阳患者的乙肝病毒含量较低，所以肝损害相对较轻，在大三阳患者中，乙肝病毒的复制是活跃的，而小三阳患者中乙肝病毒的复制仍处于静止状态，大三阳的肝功多有变化，而小三阳的肝功基本正常。从自觉症状来看，大三阳患者有明显的肝病症状，需要积极治疗，而小三阳患者基本无症状，一般不需要治疗。
大三阳变小三阳是好转的情况。大三阳转变成小三阳有两种情况：第一个，机体的免疫系统激活后自发地清除病毒，由大三阳转变成小三阳；第二个，大三阳患者通过服用乙肝抗病毒药物，可以使乙肝病毒清除然后从大三阳转变成小三阳。一般大三阳患者多伴随有乙肝病毒DNA阳性，肝功能可以正常或异常，在肝功能不正常时则需要抗病毒治疗。而小三阳患者多为乙肝病毒携带者其肝功能正常，乙肝DNA多为阴性不具备传染性。因此，机体从大三阳转变为小三阳，是病毒清除后的一种病情好转的情况。建议到肝胆科检查，在医生的指导下治疗。日常主要多休息，多喝水，保持良好的生活习惯，定期服用，按时服药，积极治疗。
小三阳更容易，但是大三阳与小三阳，只是生化检测的区别，小三阳中的一种，病毒阳性小三阳，照样会引起肝脏慢性损伤，引起肝硬化，因此与大三阳没有区别，因此要进行DNA检测。
大三阳和小三阳主要是从乙肝酶标的检测结果上区分的。大三阳病毒复制相对活跃，传染性较强，小三阳病毒复制相对较弱，传染性较小。但是并不表示小三阳的病情比大三阳轻。小三阳如果病情发展可以导致肝硬化、肝癌等。
无论“大三阳”抑或是“小三阳”只是反映人体内携带病毒的状况均不能反映肝脏功能的正常与否因而不能用来判断病情的轻重.要想了解肝功能的情况是定期（3个月至6个月）到医院作一次肝功能和乙肝两对半检查。
