转基因大豆有毒性。对于基因的人工提炼和添加，可能在达到某些人们想达到的效果的同时，也增加和积聚了食物中原有的微量毒素。还有就是会出现过敏的反应，对于一种食物过敏的人有时还会对一种以前他们不过敏的食物产生过敏。
转基因大豆油不能吃”，这种说法是普通民众的看法，源于大部分人分子生物学常识的匮乏和对转基因的偏见，实际上90%的生物学家都不认可这种看法，他们普遍认为经过严格审批的转基因的食物不比传统食物有更大的风险（就是说，转基因跟普通食物相比，没有区别）。
转基因大豆油是能吃的，因为并没有依据说吃了之后有什么不良后果。转基因食品不一定都带有转基因成分。而不带转基因成分的转基因食品与非转基因食品是没有差异的。经过专业仪器的检查，转基因大豆油与非转基因大豆油的化学成分是一样的。
转基因可能会有人类所不知的功能，与植物合成一些对人类健康有害的物质，并随大豆油进入人体造成影响。大豆可能会被施以过多的草甘膦除草剂，这些除草剂可能随大豆油进入人体，影响人体的健康。影响人类的基因。转基因大豆中所转的基因片断混入人体，从而对人体本身的基因造成影响。
转基因食物并不会通过食用危害人体健康，但可能会影响到生态系统平衡。转基因农作物所表达的某些蛋白质，进入消化道后，会被消化分解为氨基酸，失去原有毒性及所有危害，被人体吸收利用，不会对人体产生副作用，例如治疗糖尿病的胰岛素，若直接服用就会被人体消化系统分解，失去作用。
