在治疗上关键在于早期诊断，早期控制感染，防止死骨形成，避免转为慢性骨髓炎。早期需要联合应用大剂量有效抗生素，通常在体温恢复正常后，仍继续使用两周左右。抗生素治疗2-3天，不能控制局部症状时，应即刻手术治疗。局部制动固定，缓解疼痛。慢性化脓性骨髓炎以手术治疗为主，原则上是清除死骨，炎性肉芽组织和消灭死腔。
骨髓炎症状有突然高热、神昏、头疼等，并且疼痛不适持续时间长，严重影响正常活动，严重者还会化脓，形成溃烂，如果治疗不及时还会形成瘘管，较难康复，且经久不治就会发展成慢性骨髓炎，更难康复。所以越早接受治疗越好。
骨髓炎的治疗方法有药物治疗和手术治疗。药物治疗如左氧氟沙星等。手术治疗又可分为穿刺吸引术、开窗引流术、带蒂肌肉瓣充填术以及截肢术。如果是骨髓炎的急性发作，可以使用一些抗生素来治疗，局部关节疼痛时可以使用止痛消炎的药物。骨髓炎的病人如果有严重的脓肿，可以住院进行局部切开引流，主要是钻孔引流术和开窗减压，术后还要进行患肢功能锻炼，在康复初期要注意控制运动强度，以免发生骨折。
骨髓炎严重。自20世纪起，骨髓炎的致死率和致残率一直居高不下，死亡率高达20%。目前，由于医学技术的发展，手术和抗生素的使用，使致残率和致死率大大下降。这种疾病曾经被称作是不死之癌，就像是癌症病人一样，会一直持续下去，而且随时都有可能复发。年轻病人的病情控制相对比较好，有些病人的病情可以维持几十年，甚至十几次的外科手术，但是炎症的控制仍然很差。整体来看，大部分病人的病情都比较重。
骨髓炎是局部骨的慢性炎症。是由炎症引起的，因此它对身体的生命没有太大的影响，因此骨髓炎不会影响生命。但是，如果没有及时治疗骨髓炎，很容易导致缺乏营养，也可能引起营养吸收障碍。
