一般情况下，在进行阴道镜检查时并不疼痛，其方法是安放窥阴器以观察宫颈和阴道内病变情况。
做阴道镜是需要先将窥阴器放好，再将药水湿敷，药水湿敷后阴道镜可放大，便于观察病灶，由于所用药水含醋酸，有些病人可出现不适，但此不适较轻微。如果患者有疼痛感，通常不用过于担心，休息一段时间即可恢复正常。但做完阴道镜后应避免同房。
大部分的人阴道镜检查是可以忍受的，不需要做麻醉。因为阴道镜所要做的主要工作就是进行妇科检查，放置窥器，会有点不舒服的感觉，一般不会有明显的疼痛感。为了检查的需要，在宫颈和阴道穹隆会涂抹醋酸，如果有阴道炎症的会有轻微的疼痛，轻微的刺痛，也是可以忍受的。如果检查之后看到宫颈有需要活检的部位，会用宫颈的活检钳取一部分的活检，这个时候会有轻微的疼痛和不适的感觉，但是大部分人都是能忍受的。
肛门镜检查是会有疼痛症状的，但是这种疼痛症状是可以耐受的。如果医生帮忙做好了充分的润滑扩肛准备，疼痛症状是很轻微的，而且主要是以胀痛为主。如果确实畏惧肛门镜检查，或者不能够耐受肛门镜导致的疼痛，但是必须进行此项检查时，就可以通过静脉麻醉下肛门镜检查，麻醉后再进行肛门镜检查，就不会有任何疼痛和不适感。
肛门镜检查是会有疼痛症状的，但是这种疼痛症状是可以耐受的。如果医生帮忙做好了充分的润滑扩肛准备，疼痛症状是很轻微的，而且主要是以胀痛为主。如果确实畏惧肛门镜检查，或者不能够耐受肛门镜导致的疼痛，但是必须进行此项检查时，就可以通过静脉麻醉下肛门镜检查，麻醉后再进行肛门镜检查，就不会有任何疼痛和不适感。
肛门镜是一个长约7厘米的内窥镜，可以通过直接观察到肛门直肠的病变。肛门镜的粗细大小不一，专家可以根据病患的年龄和肛门的松紧程度来选择肛门镜。因为要撑开括约肌，检查的时候多多少少会有点不舒服，轻微疼痛。
