阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
快速缓解阴茎短小可以假体植入，假体植入本来是欧美国家治疗器质性阳痿的一种手术方法。植入假体后，阴茎也可以增长、增粗。还可以单纯脂肪注射阴茎成形术，这种手术方法是抽取自身的脂肪，注射入阴茎内。
阴茎勃起后能够达到十厘米就是正常的，可以满足女性的需要，关键性能力正不正常，不要尽量使用药物，可能是性技巧不够。要增进一下夫妻之间的感情，还需要知道女生身体上最敏感的部位，在性爱过程中多加异性刺激，如果不是生前病变引起的，就不要轻易的使用药物。
阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
