巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
也可以，可以采取保守治疗。保守治疗一般是指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。通过药物作用让病人暂时停经3～6个月，卵巢内子宫内膜也不会出血，这样卵巢内的囊肿就可能缩小。
宫颈粘连及放宫内节育器是可以一起进行的。术后要休息1周，禁止拎重物一周，禁止性生活半个月。宫颈粘连是慢性宫颈炎的一种表现形式，局部感染是粘连的注意病因。应积极抗炎治疗，必要时可以考虑宫腔镜介入治疗解除局部粘连。建议要积极的进行药物治疗后复查，必要时考虑介入治疗。平时多休息，合理膳食营养，注意生理卫生。
直径大于3个cm，就需要手术治疗。巧克力囊肿可以压迫正常卵巢组织，影响排卵。巧克力囊肿是卵巢的良性囊肿，如果确诊是巧克力囊肿，超过5公分以上的，做手术治疗，一般超过五十毫米的囊肿，多数情况下存在手术指征，需要考虑手术处理了。
巧克力囊肿并不需要切除子宫和卵巢的，只是做好囊肿摘除手术就可以了，子宫对于女性身体的重要性是很大的，不能轻易的切除，这样是会影响到身体健康的，这一点是不能有任何的忽视的，检查工作，一定要做好，以减少风险性，术后的复检也是需要做好。
卵巢囊肿一般在5cm以内通过服用药物采取保守治疗；在5cm以上医生会手术治疗。卵巢囊肿不及时治疗，否则可引起内分泌失调、下腹疼痛水肿；如果怀孕容易引发流产；严重者可以导致不孕等情况发生。
