巧克力囊肿主要是平时痛经和月经量增多的情况引起的，也是会影响怀孕的，囊肿比较大的，也是需要手术来治疗的。如果打算要孩子可以安排在排卵期同房，可以增加怀孕的几率。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿的主要原因是因为患有子宫内膜异位症，在卵巢周围的子宫内膜发生出血不断的积聚就慢慢形成了巧克力囊肿。这种囊肿手术治疗后很容易复发。建议在手术治疗的同时使用药物进行人工绝经的治疗。
做了巧克力囊肿手术，不影响怀孕的，首先要放松心情，加强营养，多吃一些豆类食物，补充雌激素，就是加强锻炼，增强体质，备孕期间吃叶酸，预防胎儿神经管畸形的，平时多多注意保养会慢慢好转的。
如果巧克力囊肿手术后需要半年后才可以怀孕的，如果怀孕是不容易再复发囊肿了。也不需要给孩子打防疫针，建议生活规律，营养均衡，饮食合理，睡眠充足，放松心情，注意休息，巧克力囊肿手术后需要半年后才可以怀孕。
去国家正规三甲医院接受治疗，对症下药，避免高度紧张及精神刺激，保持乐观情绪及充足睡眠。饮食上宜清淡，饮食应富含营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性食物、海产品等。
