针对巧克力囊肿有两种治疗方法：进行手术切除治疗。严重的应该选择此方法。艾灸治疗。此方法更适用于前期理疗和术后疗养，比较温和无害。打针虽然可以一定程度地抑制巧克力囊肿增长，但同时也会人体记忆力，抵抗力等方面产生影响。
巧克力囊肿打针副作用会导致经血不调，运行不畅，腹部疼痛等症状，在恢复期间一定要注意劳逸结合，避免过度劳累，造成身体负荷，饮食上可以吃一些易消化的流质或半流质的食物，有利于人体的吸收和消化，平时可以多喝一些水。
巧克力囊肿打针有一定的疼痛，要治疗卵巢囊肿还得从改善自身的体质开始。多吃碱性食品，同时补充人体必须的有机营养物质，恢复自身的免疫力。宜多吃具有抗肿瘤作用的食物鳖、龙珠茶、山楂、芝麻。忌烟酒、葱蒜椒等刺激性食物。忌肥腻、油煎、腌制食物。忌羊肉、胡椒等温热动血食物。
巧克力囊肿手术后会复发，打针是为了巩固效果防止复发。如果不打闭经针，那么来月经的时候，那些不正常的内膜还是会继续生长。一旦需要怀孕，停止用药，月经会立刻恢复，不需要担心。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。正常子宫内膜生长在子宫腔内，如果这种子宫内膜组织生长在盆腔的其他部位，就形成子宫内膜异位症。巧克力囊肿手术切除还需要用药物预防复发，所以需要打针来消炎，一般至少要打三针。
