找出导致肛门狭窄的原因。如果是手术引起的，肛门狭窄，那么可以考虑再次手术，寻求令肛门增大的方法，这一过程是渐进的，要从小肛门括约肌开始，同时润滑肛门扩张器，进行治疗。在生活中要注意饮食情况。
若排便极为困难，并有肛门疼痛，检查时食指不能顺利通过肛管直肠，应手术治疗，肛门狭窄可用切断部分外括约肌，并用手指充分扩张肛门，然后再行移植肛门周围皮肤，修补肛管的扩肛术。直肠狭窄可用挂线法治疗，通过胶线结扎来将粘膜缓慢断开，或用纵切横缝扩张术来扩大直肠内径。
可以通过手术治疗，肛门狭窄可用切断部分外括约肌，并用手指充分扩张肛门，然后再行移植肛门周围皮肤，修补肛管的扩肛术，直肠狭窄可用挂线法治疗，通过胶线结扎来将粘膜缓慢断开，或用纵切横缝扩张术来扩大直肠内径。
应观察排便，如新生患儿出现肠梗阻等症状，需采取急诊手术做预防的造口，扩肛：针对简单的先天性肛门直肠狭窄，可采取6-12个月的扩肛治疗；切开治疗；部分肛门成形术：如外围成形术、纵切横缝术等。
排便困难：由于肛门狭窄缺乏弹性导致排便时不易通过；出血：由于肛门弹性差在排便时会出现肛管皮肤裂口出血；疼痛：由于排便难以通过会出现持续性的钝痛；肛门瘙痒：由于狭窄导致裂口而增加分泌物，会引起肛门瘙痒或者皮炎。
一般情况下，小孩排便困难，需要通过以下方式进行治疗。
小孩排便困难，家长可以多给宝宝按摩腹部，从而促进小孩胃肠道蠕动，也可以多带小孩到外面散散步，适当参加活动，这样做一定程度上有利于小孩的消化、吸收，从而起到促进排便的作用，必要时可以在医生的指导下使用开塞露来进行治疗。
此外，家长应该合理调整小孩的饮食，尽量多让小孩吃比较容易消化的流食和比较清淡的食物，多吃新鲜的水果和蔬菜，帮助补充维生素，尽量不要吃辛辣、刺激的食物；
