绝大多数的肾结石是没有什么症状的，特别是在肾脏实质内的结石是没有症状的。只有一少部分肾结石病人，有时会出现结石一侧有腰腹部酸痛。当肾结石排出，并嵌顿到肾盂与输尿管的移行部，就是交界处，就会发生腰腹部绞痛，并且伴有恶心、呕吐以及腹胀。
结石大致分为胆囊结石和肾结石，慢性期结石无明显症状，急性发作期可表现多种不适，比如胆囊结石急性发作时除上腹部疼痛外，还有恶心、呕吐、发热、厌油腻、腹胀等症状，部分还会出现身体皮肤发黄的情况。肾结石常常伴有肾区叩击痛，剧烈绞痛，血尿，面色苍白，严重时可有头晕、血压下降以及恶心、呕吐、腹胀等消化系统症状。
肾结石的症状与结石是否活动有关，如果肾结石在肾盂里固定不定时，一般没有任何不适症状；肾结石在肾脏里活动，或者顺着尿液往外排，且卡在输尿管的某处，此时可出现剧烈的肾绞痛，可以向大腿内侧放射，并伴有尿频、尿急的症状，甚至出现一过性肉眼血尿，还可能出现全身大汗、恶心呕吐等迷走神经兴奋的症状。
肝结石是比较常见的肝胆疾病，其主要症状有上腹部疼痛：可表现为典型胆绞痛或持续性胀痛，有的病人疼痛不明显，而寒战发热非常厉害，周期性的间歇发作是肝内胆管结石的特征性临床表现。可有长期的胆道病史、或伴有寒战发热、黄疸的急性胆管炎史；患侧肝区及下胸部有经常性疼痛不适，常放射至背、肩部。
尿结石也是泌尿系统的常见病，多发病。男性发病多于女性，多发生于青壮年，左右侧的发病率没有明显的差异，40到75%的肾结石患者有不同程度的腰痛，所以腰痛也是肾，尿结石的典型症状，表现为腰部酸胀不舒服，或者在身体活动增加时，有隐隐的痛或者出现钝痛，较小的结石发生绞痛，常遽然发生腰腹部刀割样的剧烈的疼痛。
