巧克力囊肿是可以通过妇科检查的方式来判断巧克力囊肿的主要发病部位，对于子宫内膜异位症的病人来讲，是很容易产生触痛感的，巧克力囊肿的直径会小于十厘米左右。可以通过腹腔镜检查。
巧克力囊肿常伴有原发、继发不孕史或继发性痛经，或有不明原因的盆腔疼痛和性交痛等。去内诊检查，囊肿下缘有明显的触痛。腹腔镜检查是诊断最可靠的方巧克力囊肿法之一。因此可以通过有效的检查手段到专科医院明确病因后对症治疗以免延误病情。
巧克力囊肿是子宫内膜异位引起的，每来一次月经子宫内膜脱落，巧克力囊肿都会有一些变化的，巧克力囊肿会引起继发性痛经，那么平时就要注意，不要猛起猛蹲。避免扭转，不要激烈运动。
巧克力囊肿一旦出现破裂很有可能会出现迅速粘黏的情况，而且还会引起病情恶化可能会转变为恶性肿瘤建议平时的时候一定要注意避免腹部受到外部物质的重击如果一旦出现破裂还有可能会导致子宫多部分发生感染引起病情的恶变。
卵巢巧克力囊肿多为单侧，部分波及双侧，初始病灶表浅，卵巢表面可见红色或褐色斑点或小囊泡，随着病变发，囊泡内因反复出血积血增多，而形成单个或多个囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿，因囊肿内含暗褐色粘稠陈旧血，似巧克力液体。属炎症。
巧克力囊肿不严重是可以治疗好的，可以采用中药治疗并定期随访检查，中药通过活跃肝脾之脏腑，可以达到调节气血平衡、全面调理内分泌系统进而治疗巧克力囊肿的目的，但是也可以选择其他治疗方法，比如保守性手术、激素疗法等。
