目前比较好的治疗方法就是保守治疗，此时病人可以考虑采用生物治疗。生物治疗对于失去手术机会或癌细胞复发、转移的晚期肿瘤的病人而言，可起到缓解其临床症状的功效，同时自身免疫系统逐步恢复平衡。部分病人出现瘤体缩小甚至消失或长期带瘤生存的治疗结果。
肝内胆管结石的治疗根据病情的轻重程度及治疗是不一样的。如果经过CT或磁共振评估，肝内胆管结石很少，或者根本没有引起胆道扩张，狭窄畸形，肝脏也无改变，也没有临床症状，那么这种结石可以不用特殊治疗，只需要平时注意避免劳累受凉，少吃油腻食物，必要时可以服用利胆药物即可。而对于有经常发作胆管炎或导致胆管狭窄畸形，或是引起肝脏萎缩，癌变等等情况等，需要进一步手术治疗。
放化疗均是晚期胆管癌的治疗重要方法，对于手术切除后的病人，放化疗能够起到抑制残癌的作用;晚期胆管癌手术前放化疗，可一定程度上缩小癌肿，晚期胆管癌癌肿范围较大，且大多发生了扩散转移，几乎已没有做根治性切除的可能，临床上，能够耐受手术切除的晚期胆管癌，仍主张进行姑息性局部切除，手术后再辅以其它疗法进行术后治疗，如放化疗及中医药治疗。
一般情况下，肝胆管结石可分为肝内结石、肝外结石等，患者应对症进行治疗，具体内容如下：
1.肝内结石：如果患者患有肝胆管结石，并且为肝内结石，但结石体积较小，未引起梗阻，通常不用特别进行治疗。但是，如果肝内结石体积较大，并出现了胆管阻塞的情况，则需要通过手术治疗来去除结石。
2.肝外结石：如果患者体内存在肝外结石，可以通过内镜治疗、手术治疗等方式来进行治疗，以去除患者体内的结石，促进患者身体恢复健康。
肝内外胆管结石可以吃南瓜子，肝内外胆管结石有可能是先天性病变，比如先天性胆管扩张，这是由于胆管胚胎时期发育异常、病毒感染，胆管神经肌肉发育不良，以及胰胆管合流异常等引起的。
