根据胸腺瘤恶性程度的不同、手术是否完整切除等，出现复发或者转移的几率也不同，目前认为术后放疗可以降低术后复发或者转移的几率。恶性胸腺瘤可以通过手术大大的延长生存期，是可以治好的。可以延长1-5年。
恶性肿瘤，首先要考虑手术治疗，只有手术治疗才能得到治疗。同时需要配合化疗，放疗，免疫治疗，靶向药物治疗，生物治疗，肝细胞移植，微波消融治疗，介入治疗等，治疗方法很多，需要联合治疗。防止肿瘤的复发。才可以延长寿命。如果不能手术了，就联合治疗。
恶性胸腺瘤应当是我们平时所说的癌症，如果恶性胸腺瘤是早期发现，然后结合抗癌药物治疗，然后定期去医院对病情进行随诊复查。对于癌症的治疗要考虑进行综合性的治疗，如手术、化疗、放疗以及中药的调理。
当转移发生时，肿瘤处于晚期，此时，简单的外科治疗效果不是很好。根据病人的实际情况和肿瘤的病理分类，可以采用化疗或放疗等综合治疗方法。应当在辅助中医治疗的同时，抵抗机体免疫力，提高治疗效果。
胸腺瘤可以采用胸腔镜下微创手术，根据胸部CT的检查，判断胸腺瘤偏向于哪一侧胸腔。如果胸腺瘤偏向于左侧，就左侧开口进行胸腺瘤的摘除。如果胸腺瘤偏右侧，从右侧胸腔镜下胸腺瘤摘除术。
胸腺瘤手术后最常见后遗症为重症肌无力，重症肌无力和胸腺瘤有直接关系，如眼睑下垂或出现疲劳，上肢伸举费力、咀嚼吞咽困难等。还会造成肾病综合征肾炎的出现。
