会有并发症比如出现轻微的疼痛，无力等，是比较常见并且对身体威胁很小。微波消融术术后综合症有低热，身体不适应等现象，发作持续时间和微波消融引起的组织坏死的体积和病人本身的身体状况有关。严重的并发症会出现手术部位的损伤或者肿瘤种植等，但是罕见的。
微波消融术的副作用包括轻度的疼痛、消融后综合征及无症状性胸腔积液等。消融后综合征常常表现为低热和全身不适，其持续时间与微波消融引起组织坏死的体积以及的全身状况有关，副作用都是自限性的，不需要治疗，基本在三天左右。
甲状腺肿瘤微波消融术后一般而言不会复发。通常一次性可以解决掉，很少有复发，除非在边缘部分及位置比较隐蔽的地方，偶尔有很少的部分残留，这部分残留不会再形成大块的结节，所以通常没有再次治疗的需要。
这类甲状腺手术的安全性高，全程高清在超声引导下进行手术，超声精确锁定甲状腺病变组织，然后针探头发热消融，能最大程度降低正常甲状腺组织和颈部周围神经血管损伤的风险，保留现存甲状腺的功能。
微波消融需要用到穿刺针，小的肿块使用一根穿刺针就可以了。大的肿块可能需要不止一根穿刺针，费用就高很多。比如，甲状腺肿块的微波消融手术，总的医疗费大约2万元，而肝脏巨大肿瘤的微波消融，可能达到5万元。
还是微波消融术适合，是将一根特制的微波针经皮穿刺到肝脏的肿瘤区域，可以向周围的肿瘤组织释放一些微波磁场，这样可以使周围的分子高速运转并摩擦升温，是肿瘤组织凝固坏死，达到治疗肿瘤的目的。
