性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。
性功能减退可以进行日常护理和药物进行治疗。
如果是不良习惯引起性功能减退时，可改善生活状态，如忌烟、忌酒、保持足够睡眠，性功能可逐步得到改善。如果是器质性病变所致，如慢性前列腺炎，包茎或者包皮过长等，需及时到医院就诊，慢性前列腺炎患者给予盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行抗炎治疗。
一般情况下，男性性功能减退可以采用以下方式进行治疗：
男性性功能减退主要是由于性生活中出现了勃起功能紊乱，或是出现了性生活的时间缩短。这两种都是比较容易出现的男性性功能减退的症状。如果是因为年纪大了，过度的工作，或者是精神疲惫，或者是心理上的紧张，或者是经常熬夜都会引起的。如果出现了男性性功能减退，可以口服西地那非、玄驹胶囊等药物进行治疗，如果性生活的次数变短，可以口服金匮肾气丹、达泊西丁等药物进行治疗。平时应该注意节制性生活。
根据每个病人的情况不同，会采取不同的治疗方法。从医疗角度的方法会有手术治疗，还有一些心理治疗，还有性教育，是出于现在对性问题的一个顾虑和担忧，所以要纠正错误的观念才能够使夫妻间的生活变得更加和谐。还会有物理治疗，如用电动的按摩器刺激男性的生殖器官。
性功能障碍治疗主要包括以下几个方面：性功能障碍药物治疗：针对不同的性功能障予以相应的药物治疗；物理治疗：如不射精可进行电动摩擦治疗，不兴奋可进行振动治疗；手术治疗：如包茎、包皮过长进行包皮环切术，器质性阴茎勃起障碍可以假体植入治疗等。
