巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
做微创手术，先把巧克力囊肿给弄掉，然后再按照正常情况去备孕，如果是备孕半年都失败，可以考虑试管婴儿。巧克力囊肿通常来说也就是和内膜异位症有很大的关联，内膜异位症会影响到怀孕的。
本病是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。注意休息和个人卫生，忌烟酒辛辣凉性食物，热敷疼痛部位，用些排瘀消瘤的药物保守治疗观察，定期复查。
囊肿的大小，症状，是否有生育要求来决定治疗方案。对于巧克力囊肿小于3cm的病人，可进行期待治疗。如果体积大于3cm的巧克力囊肿，合并不孕，可采取手术治疗，剔除囊肿。术后联合药物治疗预防复发，改善不孕。
巧克力囊肿主要是平时痛经和月经量增多的情况引起的，也是会影响怀孕的，囊肿比较大的，也是需要手术来治疗的。如果打算要孩子可以安排在排卵期同房，可以增加怀孕的几率。
巧克力囊肿的主要原因是因为患有子宫内膜异位症，在卵巢周围的子宫内膜发生出血不断的积聚就慢慢形成了巧克力囊肿。这种囊肿手术治疗后很容易复发。建议在手术治疗的同时使用药物进行人工绝经的治疗。
