卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
还是有怀孕的可能性的，注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，要注意自身保暖，避免感寒着凉，月经期间，禁止一切剧烈体育运动及重体力劳动。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
可以，巧克力囊肿是由于有炎症的长期刺激和子宫内膜异位生长引起的。会随生理期周期性的脱落出血疼痛。主要临床表现就是引起月经量多，不规则出血，痛经等。有生育要求的可以保守治疗。症状严重者可以手术，囊液抽吸，性激素治疗等。
巧克力囊肿是盆腔包块的一种，是异位的子宫内膜，就是子宫内膜异位症，子宫内膜异位症可以引起月经的紊乱，卵巢排卵的异常，所以可以影响生育，导致不孕。随着月经周期的变化出血，形成囊肿，因为囊肿的内容物是咖啡色巧克力状，所以称巧克力囊肿。
囊肿是由于体内激素分泌旺盛造成的，如果怀孕后，激素分泌会更旺盛，囊肿长得会更快，这样会影响胎儿的发育。囊肿是长在卵巢上的，卵巢功能受影响，也不容易怀上，应采取手术治疗。
