卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。
卵巢巧克力囊肿手术后可以完全恢复，但术后复发率约5%。子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位时，称为子宫内膜异位症。异位的子宫内膜侵犯卵巢时称卵巢子宫内膜异位囊肿。
痛经为主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。月经过多，月经血量多，也是临床常见症状之一，一般月经周期规律表现为经血过多或带经日久。（2）性交痛：子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。
像这种症状。巧克力囊肿一般分为两种类型，即腹腔巧克力囊肿和卵巢巧克力囊肿，通常以卵巢巧克力囊肿病人居多。对于巧克力囊肿女性病人来说，如果想要尽早的痊愈，就需要选择手术的方法进行治疗。而由于巧克力囊肿病人的病情状况不同，所以其对应的手术危险性也就不同。
月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称它为“巧克力囊肿”。确诊后宜立即手术，做囊肿剥出术。