目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
单侧巧囊肿会影响怀孕，但不会导致不孕，所以单侧的巧囊仍然是有自然受孕的可能的，除了看巧囊是单侧卵巢还是双侧卵巢，还需要看巧囊的大小，巧囊越大，对怀孕的影响可能越大，巧囊越小，对怀孕的影响会越小。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症异位的内膜长到了卵巢上，形成血性的、包裹性的液囊，也就是囊肿，所以称之为巧克力囊肿，由于自身有一些容易产生子宫内膜异位症的因素，即使是做完手术，很可能还会复发。
巧囊一般多发生在卵巢上，属于子宫内膜样组织，长到了其他的地方，随着子宫内膜的定期脱落，也就是月经的来潮，其他部位也会出现脱落出血。形成巧克力囊肿。大部分的巧克力囊肿，只要是有月经来潮，如果子宫内膜异位组织没有被完全剥离会复发，但是也有少部分人可能已经通过手术剥离得很干净，就不会复发了，一般也是因人而异的。
巧囊手术以后怀孕几率的大小，要根据手术的情况来决定。如果做完手术以后没有出现粘连的情况，并且双侧卵巢恢复的也很好，双侧输卵管也没有粘连、堵塞，怀孕的几率还是比较大的。
如果患了单侧巧克力囊肿，可以选择在女性排卵期前后同房，可以增加怀孕的几率。患者应该去正规医院的妇产科检查，根据检查的结果对症治疗。平常应当注意休息，避免劳累过度，避免重体力劳动，可以多吃新鲜的蔬菜和应季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒凉生冷的食物。保持轻松愉悦的心情，缓解压力，注意保证充分的休息和充足的睡眠。可以适当运动，提高身体的免疫力。
