微波消融术的副作用包括轻度的疼痛、消融后综合征及无症状性胸腔积液等。消融后综合征常常表现为低热和全身不适，其持续时间与微波消融引起组织坏死的体积以及的全身状况有关，副作用都是自限性的，不需要治疗，基本在三天左右。
这类甲状腺手术的安全性高，全程高清在超声引导下进行手术，超声精确锁定甲状腺病变组织，然后针探头发热消融，能最大程度降低正常甲状腺组织和颈部周围神经血管损伤的风险，保留现存甲状腺的功能。
微波消融需要用到穿刺针，小的肿块使用一根穿刺针就可以了。大的肿块可能需要不止一根穿刺针，费用就高很多。比如，甲状腺肿块的微波消融手术，总的医疗费大约2万元，而肝脏巨大肿瘤的微波消融，可能达到5万元。
微波消融术是一种物理热消融的方法，能够通过一定的时间和频率，使电机产生100度以上的高温，当肿瘤到达温度时蛋白质就会变性，从而起到杀死肿瘤细胞的目的。微波消融术的方法，一般最常见的就是运用于抑制肿瘤的生长，抑制癌症细胞的病变。
一般情况下，甲状腺微波消融术作为甲状腺良性病变的常用手术方法，临床效果良好。
甲状腺微波消融术主要用于甲状腺结节、甲状腺囊肿以及甲状腺肿瘤体积不大的情况，需要先局部麻醉后，然后超声通过探测针所发射出的高频电波到达病变部位，调节探头位置用高温排除病灶，它有疗效确切、创口小、康复快等优点。手术后患者需要避免剧烈运动，并注意休息。
会有并发症比如出现轻微的疼痛，无力等，是比较常见并且对身体威胁很小。微波消融术术后综合症有低热，身体不适应等现象，发作持续时间和微波消融引起的组织坏死的体积和病人本身的身体状况有关。严重的并发症会出现手术部位的损伤或者肿瘤种植等，但是罕见的。
