可以通过手术的办法进行切开摘除。但是这样的囊肿都是属于良性的，如果没有什么不适的症状的，可以不用治疗，进行观察一下。药物治疗这样的病症其效果不显，就是手术治疗为宜。
小孩生殖器囊肿通常是皮口或尿道外口。
包皮口囊肿在包皮交界处，治疗以手术切除为主，若包皮囊肿较大，建议进行包皮环切。若囊肿在尿道外口，建议进行囊肿剪开或剥离，创面要垫住缝合。囊肿具体病因不明，是一种良性病变，切除后没有不良的反应，术后要留置尿管预防，预防切口感染，感染会难以愈合，容易形成瘢痕。也可以选择注射治疗，生殖器部位不建议用注射治疗，防止不良反应。通常囊肿不会很大，早期可以观察，多数预后良好。
坐骨结节囊肿是生长于坐骨结节的囊性肿物。是人体骨盆最下端，人体采取坐位的时候，该部位直接接触，时间长了产生反复摩擦，在骨表面会产生囊性变。出现囊肿以后，会出现臀部疙瘩。可以采取保守治疗的方法，定期复查。
囊肿不能挤压的，很容易刺激囊肿增长，或者是疼痛，囊肿是良性肿瘤，可能会出现在皮肤表面，身体如果有囊肿出现，平时不能吃含激素多的食物，注意观察是否有持续增长，有明显症状，需要手术切除治疗。
较小的囊肿不适症状暂时不用治疗，较大的囊肿需要尽早手术，平时注意不要刺激囊肿部位，以免引起感染。囊肿是局部组织出现囊样变化，是与炎症，先天性发育，外伤，自身体质等多因素有关系，囊肿可以长在身体各个部位。
