如果肝脏疼痛是由于多囊肝导致的，特别是肝脏的囊肿导致肝脏损伤引起的。就需要考虑给予手术治疗。需要检查肝脏囊肿的情况和肝脏功能，判断肝脏有没有损伤，如果有明显损伤，需要及时的给予保肝治疗和手术治疗改善。
多囊肾多囊肝可以穿刺抽液来治疗。多囊肾多囊肝属于常染色体显性遗传性疾病，治疗主要是针对并发症的治疗，以及预防囊肿的增大，首先是饮食方面，不吃巧克力，咖啡，浓茶等含有咖啡因的饮料。
多囊肝、多囊肾，治疗上主要以对症治疗为主，比如多囊肝、多囊肾的患者，如果出现了血尿，患者早期卧床休息，合并感染积极的抗感染治疗。如果囊肿过于巨大，而产生了压迫的症状，比如多囊肾出现腰部的疼痛，肝囊肿出现上腹部的疼痛，这时如果有单个的囊肿比较巨大，可以行去顶减压术，来减轻患者的这种疼痛不适。出现了肝功能的异常或者肾功能衰竭，对症的使用保肝类的药物、保肾降糖类的药物对症治疗。
通常情况下，有多囊肝不一定就会有多囊肾。具体分析如下：
多囊肝是一种罕见的遗传性疾病，可以作为孤立性多囊肝病独立存在，也可以作为常染色体显性遗传性多囊肾病的伴随症状。多囊肾是一种先天性的发育畸形，表现为双侧的肾脏产生多发的肾脏囊肿，可有几十个或上百个呈葡萄串样结构。并不是所有的多囊肝患者都合并多囊肾，只是说多囊肝的患者同时合并有多囊肾，这种疾病的概率相对会比较高。
先天性多囊肝和多囊肾等病史，是一种先天性的遗传性的病变，如果没有明显的不适可以不用特殊的处理，如果出现腹部疼痛，血尿，腰痛，肝肾功能不全等情况需要及时的行手术切除及保肾保肝处理，以防病情加重。
多囊肾是一种家族遗传性疾病，所以家族内有人被诊断多囊肾后，家族内所有成员均进行彩超的初步检查，明确是否存在多囊肾的情况，所以早期的监控很重要，每年检查肾脏超声，定期注意血压情况，对于已出现高血压的病人，严格限制盐的摄入，同时控制好血压，大量喝水，每天保证2000ml的尿量。现在目前国内已经可以买到的托伐普坦是唯一治疗多囊肾有效的药物，可以长期服用，多囊肾导致肾衰终末期，可以常规血透和腹透治疗。