做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。
巧克力囊肿是会导致不孕的。至少会造成排卵障碍。卵巢巧克力囊肿的形成是由于内膜在卵巢中仍然会出现“经血”症状，但由于在卵巢内无法排出，日积月累就造成了旧血的长期潴留，形成囊包。
巧克力囊肿对于女性身体的健康影响还是非常大的，如果不够重视疾病的治疗，很容易影响到身心健康，到医院进行相关的检查，如果症状轻微，可以通过药物缓解症状，进行腹腔镜手术的方式治疗较好。
巧克力囊肿又复发可以通过药物或手术来治疗，根据年龄、症状、体征、病变情况和生育要求进行选择，并强调个体化治疗，有轻微或无症状的轻微病变应期待治疗，有生育要求的轻度应在明确诊断后首先进行治疗，重症应接受保生育手术治疗。
卵巢巧克力囊肿属于盆腔子宫内膜异位症一种，有复发的风险。手术过程当中，不可能将微小的病灶全部去除，因此部分女性在术后囊肿复发。如果囊肿持续增大，需要手术治疗，配合一些药物使用。
可采用药物或手术治疗。症状轻或无症状的轻微病变选用期待治疗；有生育要求的轻度病人明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻无生育要求的重症病人可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗；症状及病变均严重的无生育要求病人可进行手术治疗。
