通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
怀孕后卵巢囊肿建议疼痛手术进行治疗。
女性在妊娠期间由于盆腔充血，导致卵巢囊肿增大的比较快。如果是在怀孕的时候发现了囊肿，治疗的原则是从妊娠12周开始，到有手术指征的情况下，再继续观察。因为手术会导致流产等并发症，如果是在晚期，可以等到怀孕后再入院。剖宫产的时候，如果发现有卵巢囊肿，一般可以做手术。
绝经后出现的卵巢囊肿一定要注意，不要把它当成是一种普通的疾病，如果肿瘤标记物不是很好，那么就需要做一些随诊的检查。
3-6个月做一次B超检查，发现囊肿在短期内有明显的增长，要考虑是否有恶性的疾病。应视手术后的病理情况而定。
良性疾病患者术后需进行辅助性化学治疗，若囊肿仍在绝经期，建议行外科手术，以清除肿瘤，以确定是否有肿瘤。日常生活中要密切观察是否有腹部疼痛和突然的腹部疼痛，有可能是囊肿扭曲引起的。
腱鞘囊肿压破后要注意护理，避免伤口的活动。
腱鞘囊肿压破是一种常用的治疗方式，一般是在压破的时候进行加压包扎，持续一个星期左右，主要是为了让腱鞘囊肿的两层包膜尽可能的愈合。否则的话，以后肌腱在腱鞘中滑动的次数太多，很可能会因为自身的包膜而再次出现。而且在进行加压包扎的时候，要注意护理，避免伤口活动。
治疗的时候要注意避免劳累、劳损。
腱鞘囊肿挤破后可以通过以下方式进行处理：
在腱鞘囊肿挤破后，要做好局部的防护和固定，同时要避免局部的重复运动和摩擦，同时要注意保暖，防止感冒。腱鞘囊肿破裂后，囊壁上的凝胶状组织会向周围蔓延，也可能是由于肌肉受到压力而发生了变化，此时可以采取一些措施来防止肌肉纤维的进一步破坏，比如加压、支架等。
如果发现有肌腱鞘囊肿，一定要到正规的医院进行正规的处理。
