肾积水的手术治疗应早期进行。合理的应用整形手术，纠正肾盂输尿管连接部异常，争取肾功能的较大恢复。肾积水严重，肾功能破坏十分严重，而对侧肾正常者，可作积水肾切除术。侧肾积水严重，一侧较轻，可先治疗严重的一侧。以免发生肾功能不全，手术成功后可为对侧手术时增加安全性。
肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。
轻度肾积水如果是肾结石引起的，可以给予药物排石，体外冲击波碎石以及经皮肾镜取石术；如果是前列腺增生引起的，需要给予前列腺电切或者前列腺手术来治疗；如果是前列腺肿瘤引起的，需要给予手术来治疗。
应该找到引起肾积水的原因。最常见的原因有输尿管结石导致肾积水，肾盂、输尿管连接部狭窄，输尿管肿瘤导致肾积水，以及输尿管外异物或者手术后粘连、输尿管狭窄，也会导致肾积水。如果是肿瘤导致的肾积水，应该将肾脏、输尿管切除。如果是狭窄、粘连导致，应该通过手术方式解除梗阻，缓解肾脏积水。
肾积水的治疗，首先应该找到引起肾积水的原因，如果是结石导致的肾积水，应该通过输尿管镜钬激光碎石，将结石有效击碎，排出体外，解除梗阻，可以改善肾积水。如果是肾盂、输尿管连接部狭窄，建议行狭窄段切除，可以治疗肾积水，如果是肿瘤导致的肾积水，应该将肾脏、输尿管切除。如果是狭窄、粘连导致，应该通过手术方式解除梗阻，缓解肾脏积水。
