有输卵管积水和巧克力囊肿，首先输卵管积水可以阻碍精子和卵子的结合，造成不孕，需要在腹腔镜下做输卵管疏通术，同时做巧克力囊肿挖出，保留卵巢就可以，这两个手术是可以同时进行的。
巧克力囊肿是否影响怀孕要根据病情的严重程度。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的常见类型。患巧克力囊肿可能会影响怀孕。患巧克力囊肿会影响到卵巢功能，影响排卵。盆腔以内粘连也常伴随巧克力囊肿往往发生，导致输卵管功能障碍。
若巧克力囊肿较小，痛经不明显，可尝试怀孕，能够正常怀孕的情况下暂时不用治疗巧克力囊肿。若产期不能怀孕且排除了其他导致不孕不育的因素，则不孕可能是巧克力囊肿引起的，建议及时就医，通过药物治疗或手术治疗巧克力囊肿。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿特点是痛经，月经不调，性生活出现痛疼，不孕等。痛经为巧克力囊肿的主要症状，同时也是最容易被忽略的症状表现，月经过多，月经血量多，也是巧克力囊肿的常见症，性生活痛是一个明显的信号，还可能会出现滴状的出血，而且常于月经前较为明显。
子宫腺肌病和子宫肌瘤病变所在部位都是子宫肌层，但是形成病变的组织是完全不同的，子宫腺肌病是子宫内膜腺体及间质侵入子宫肌层形成的病变，而子宫肌瘤主要是由子宫平滑肌细胞增生。
