在临床上常用的治疗方法，有对因治疗、对症治疗以及其他治疗。而对于所有疾病，对因治疗是最有效的治疗方法。所以治疗肾积水，就应该从病因开始治疗。而从肾积水的主要病因来讲，一方面是泌尿系统先天性的结构异常，而另一方面是由于某些泌尿系统疾病所致，例如泌尿系的炎症、结石、肿瘤等因素，再有就是来自泌尿系外伤愈后形成的瘢痕以及盆腔其他器官的肿瘤的压迫等因素。所以基于这些不同的病因，需要采取不同的治疗手段。
肾积水要针对疾病原因进行治疗，如泌尿系结核要给予抗结核治疗，肿瘤可手术治疗，尿路结石做体外碎石治疗。肾积水是因输尿管梗阻如泌尿系统患结核、肿瘤、结石等引起肾盂输尿管交界处梗阻，引起肾积水。由于肾积水可合并泌尿系感染。
肾功能治疗的方式是通过手术切开肾脏，放出多余的积水，难达到治疗的目的。但是具体的肾积水治疗要情况定制个性化的治疗方案，不能一概而论，原则上是需要挽留肾脏的功能，避免肾功能的进一步丢失，但是对于重度积水无功能的肾脏还是建议肾脏的切除。
肾积水是十分常见的一种疾病，肾积水主要是存在有输尿管梗阻或者其他的尿路梗阻。输尿管梗阻常见的原因是输尿管狭窄或者输尿管结石，引起肾脏积水。肾积水治疗的关键是及时解除梗阻，如果是输尿管狭窄引起的肾脏积水，通常可以行输尿管切除断端吻合手术，只要将狭窄段去除，就会使肾积水缓解。
局部处理，对于梗阻部位的病变可用局部处理解决者，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于局部压迫过长已造成输尿管局部发育严重受损时，应将此段输尿管切除再吻合；病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
开放手术取石术，目前开放手术只适合很少一部分病人，如无功能结石性脓肾、结石合并癌症，或微创技术治疗无效者；肾造瘘术，若肾积水病因不去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，再施行去除病因的手术。梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为治疗措施。
