如果治疗不及时，或者治疗不得当，可留有失听、失明、癫痫、脑积水、智力和（或）运动障碍等后遗症。新生儿化脓性脑膜炎是指化脓细菌引起的脑膜炎症，是常见的危及新生儿生命的疾病，本病常为败血症的一部分或继发于败血症，一般新生儿败血症中约四分之一会并发化脓性脑膜炎。早期诊断、及时正确的治疗是成功的关键。如能及时诊断，尽早得到正确治疗，新生儿化脓性脑膜炎可以治好。
化脓性脑膜炎最突出的表现是：发热、头痛、呕吐、意识障碍和惊厥等。白细胞及中性粒细胞计数增高。新生儿常缺乏典型症候，体温可能正常或不升，主要表现为不吃、不哭和不动等严重感染的一般性症状，惊厥也不典型。部分婴儿有凝视、尖叫等。
小儿免疫功能不成熟，尤其是新生儿或早产儿，没有从母体获得足够IGG抗体，容易导致低免疫球蛋白血症。
新生儿感染严重会导致血清IGG抗体及其亚类的浓度降低，白细胞介素-2活动降低。血脑屏障功能较差，小儿血脑屏障通透性大、补体浓度低、血液循环旺盛、中性多形核粒细胞吞噬及趋化功能差，病原菌通过血脑屏障导致化脑。主要原因是多数小儿脑膜炎病例是血行播散。肺炎链球菌脑膜炎是病原菌直接侵入脑膜。有脐炎、肠炎、肺炎、皮肤脓疱病、中耳炎等感染病灶。另外早产儿、新生儿窒息、羊水早破或污染、母亲产时感染或发热、先天性窦道、脑脊膜膨出、神经管缺损、胎儿头皮采血标本穿透伤、胎内心电图监测致邻近播散都是致病原因。
化脓性脑膜炎的后遗症有影响脑实质、反复出现癫痫、智力下降等。
脑膜炎是指软脑膜的弥漫性炎症性改变，由细菌、病毒、真菌、螺旋体、原虫、立克次体、肿瘤与白血病等各种生物性致病因子侵犯软脑膜和脊髓膜引起，主要包括细菌性脑膜炎、化脓性脑膜炎等，而如果是化脓性脑膜炎，可能会出现影响脑实质、反复出现癫痫、智力下降等后遗症。
如果能够早期诊断，正规治疗，绝大部分都是能够临床治愈的。有一部分未能够做到早期诊断和规范的治疗，预后可能比较差。有可能会出现一些严重的并发症或者后遗症。
预防化脓性脑膜炎，在日常的饮食中要养成良好的作息习惯，同时要加强身体的保暖，多晒日光浴，适当的进行一些室外运动，以提高免疫力。
另外，要避免和有呼吸道疾病的病人打交道，避免出现呼吸道的炎症，这对于降低肺炎链球菌脑膜炎的复发非常的关键。新生儿脑膜炎的防治与围产期卫生密切相关，要对母婴的感染进行全面的处理。新生儿接触到了严重的污染，必须应用抗菌药物。现在有专门的流脑和流行性感冒的疫苗。
